MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Escherichia coli O55:H7 str. RM12579 plasmid p12579_3

Total Repeats: 168

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017654	TTG	2	6	372	377	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387504829
2	NC_017654	AAAG	2	8	493	500	75 %	0 %	25 %	0 %	387504829
3	NC_017654	ACACC	2	10	546	555	40 %	0 %	0 %	60 %	387504829
4	NC_017654	CGT	2	6	861	866	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504830
5	NC_017654	TGC	2	6	909	914	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504830
6	NC_017654	CCAG	2	8	966	973	25 %	0 %	25 %	50 %	387504830
7	NC_017654	TCCA	2	8	1018	1025	25 %	25 %	0 %	50 %	387504830
8	NC_017654	TTG	2	6	1035	1040	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387504830
9	NC_017654	AGTA	2	8	1053	1060	50 %	25 %	25 %	0 %	387504830
10	NC_017654	GTT	2	6	1087	1092	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387504830
11	NC_017654	TGC	2	6	1098	1103	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504830
12	NC_017654	GTG	2	6	1111	1116	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387504830
13	NC_017654	TCG	2	6	1123	1128	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504830
14	NC_017654	TTCA	2	8	1140	1147	25 %	50 %	0 %	25 %	387504830
15	NC_017654	TGT	2	6	1190	1195	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387504830
16	NC_017654	A	6	6	1198	1203	100 %	0 %	0 %	0 %	387504830
17	NC_017654	TCC	2	6	1221	1226	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387504830
18	NC_017654	AAGT	2	8	1239	1246	50 %	25 %	25 %	0 %	387504830
19	NC_017654	GCA	2	6	1249	1254	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504830
20	NC_017654	GCA	2	6	1276	1281	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504830
21	NC_017654	GCG	2	6	1371	1376	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387504830
22	NC_017654	ATA	2	6	1409	1414	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387504830
23	NC_017654	CAC	2	6	1418	1423	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387504830
24	NC_017654	TCA	2	6	1445	1450	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504830
25	NC_017654	TTC	2	6	1461	1466	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387504830
26	NC_017654	A	6	6	1605	1610	100 %	0 %	0 %	0 %	387504830
27	NC_017654	ATACTC	2	12	1639	1650	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504830
28	NC_017654	TGA	2	6	1887	1892	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504831
29	NC_017654	TGA	2	6	1920	1925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504831
30	NC_017654	ACG	2	6	1935	1940	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504831
31	NC_017654	TCC	2	6	2023	2028	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387504831
32	NC_017654	ACC	2	6	2064	2069	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387504831
33	NC_017654	TCA	2	6	2103	2108	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504831
34	NC_017654	CTT	2	6	2192	2197	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387504831
35	NC_017654	TCC	2	6	2217	2222	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387504831
36	NC_017654	CTG	2	6	2345	2350	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504831
37	NC_017654	TGA	2	6	2645	2650	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504832
38	NC_017654	TTCC	2	8	2764	2771	0 %	50 %	0 %	50 %	387504832
39	NC_017654	CCG	2	6	2852	2857	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504832
40	NC_017654	TA	3	6	2938	2943	50 %	50 %	0 %	0 %	387504832
41	NC_017654	AACG	2	8	2961	2968	50 %	0 %	25 %	25 %	387504832
42	NC_017654	TAT	2	6	3017	3022	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387504832
43	NC_017654	TGC	2	6	3142	3147	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504832
44	NC_017654	GCC	2	6	3166	3171	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504832
45	NC_017654	CGCTGG	2	12	3418	3429	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	387504832
46	NC_017654	ATG	2	6	3430	3435	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504832
47	NC_017654	ATC	2	6	3468	3473	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504832
48	NC_017654	A	6	6	3498	3503	100 %	0 %	0 %	0 %	387504832
49	NC_017654	CGCT	2	8	3510	3517	0 %	25 %	25 %	50 %	387504832
50	NC_017654	CTG	2	6	3567	3572	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504832
51	NC_017654	AGA	2	6	3575	3580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504832
52	NC_017654	GCTG	2	8	3635	3642	0 %	25 %	50 %	25 %	387504832
53	NC_017654	ATC	2	6	3645	3650	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504832
54	NC_017654	GAA	2	6	3696	3701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504832
55	NC_017654	TGG	2	6	3703	3708	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387504832
56	NC_017654	TCG	2	6	3725	3730	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504832
57	NC_017654	CTG	2	6	3744	3749	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504832
58	NC_017654	CGG	2	6	3831	3836	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387504832
59	NC_017654	T	6	6	3840	3845	0 %	100 %	0 %	0 %	387504832
60	NC_017654	GAC	2	6	3846	3851	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504832
61	NC_017654	TAC	2	6	4024	4029	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504832
62	NC_017654	GGCA	2	8	4042	4049	25 %	0 %	50 %	25 %	387504832
63	NC_017654	TCA	2	6	4118	4123	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504832
64	NC_017654	ACAG	2	8	4138	4145	50 %	0 %	25 %	25 %	387504832
65	NC_017654	TGC	2	6	4148	4153	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504832
66	NC_017654	TGA	2	6	4235	4240	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504832
67	NC_017654	CTCC	2	8	4284	4291	0 %	25 %	0 %	75 %	387504832
68	NC_017654	TGC	2	6	4309	4314	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504832
69	NC_017654	TGA	2	6	4343	4348	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504832
70	NC_017654	TGA	2	6	4382	4387	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504832
71	NC_017654	GATCA	2	10	4451	4460	40 %	20 %	20 %	20 %	387504832
72	NC_017654	GGA	2	6	4593	4598	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387504832
73	NC_017654	CAAT	2	8	4645	4652	50 %	25 %	0 %	25 %	387504832
74	NC_017654	TAA	2	6	4679	4684	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387504832
75	NC_017654	TCT	2	6	4787	4792	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387504832
76	NC_017654	CAG	2	6	4837	4842	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504832
77	NC_017654	GCT	2	6	4874	4879	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504832
78	NC_017654	ATG	2	6	4942	4947	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504832
79	NC_017654	GACT	2	8	5110	5117	25 %	25 %	25 %	25 %	387504832
80	NC_017654	CAA	2	6	5144	5149	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387504832
81	NC_017654	TGA	3	9	5174	5182	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504832
82	NC_017654	CCG	2	6	5189	5194	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504832
83	NC_017654	CGT	2	6	5339	5344	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504832
84	NC_017654	GCAG	2	8	5366	5373	25 %	0 %	50 %	25 %	387504832
85	NC_017654	ATC	2	6	5380	5385	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504832
86	NC_017654	ATG	2	6	5410	5415	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504832
87	NC_017654	ATT	2	6	5470	5475	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387504832
88	NC_017654	TC	3	6	6258	6263	0 %	50 %	0 %	50 %	387504833
89	NC_017654	ATG	2	6	6286	6291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504833
90	NC_017654	ATGG	2	8	6336	6343	25 %	25 %	50 %	0 %	387504833
91	NC_017654	CAA	2	6	6367	6372	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387504833
92	NC_017654	TGA	2	6	6401	6406	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504833
93	NC_017654	TTGA	2	8	6411	6418	25 %	50 %	25 %	0 %	387504833
94	NC_017654	AGC	2	6	6431	6436	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504833
95	NC_017654	GCA	2	6	6538	6543	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504833
96	NC_017654	GCT	2	6	6596	6601	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504833
97	NC_017654	TGA	2	6	6602	6607	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504833
98	NC_017654	GA	3	6	6721	6726	50 %	0 %	50 %	0 %	387504834
99	NC_017654	TGA	2	6	6827	6832	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504834
100	NC_017654	AAAC	2	8	6834	6841	75 %	0 %	0 %	25 %	387504834
101	NC_017654	TGA	2	6	6850	6855	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504834
102	NC_017654	AGG	2	6	6862	6867	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387504834
103	NC_017654	T	7	7	6876	6882	0 %	100 %	0 %	0 %	387504834
104	NC_017654	GCA	2	6	6901	6906	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504834
105	NC_017654	ATTT	2	8	6962	6969	25 %	75 %	0 %	0 %	387504834
106	NC_017654	AGGGGC	2	12	6973	6984	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	387504834
107	NC_017654	CAT	2	6	7005	7010	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504834
108	NC_017654	AAT	2	6	7053	7058	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387504834
109	NC_017654	TGT	2	6	7073	7078	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387504834
110	NC_017654	TGA	2	6	7094	7099	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504834
111	NC_017654	TAAA	2	8	7111	7118	75 %	25 %	0 %	0 %	387504834
112	NC_017654	AGA	2	6	7168	7173	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504834
113	NC_017654	A	6	6	7180	7185	100 %	0 %	0 %	0 %	387504834
114	NC_017654	T	6	6	7210	7215	0 %	100 %	0 %	0 %	387504835
115	NC_017654	CT	3	6	7288	7293	0 %	50 %	0 %	50 %	387504835
116	NC_017654	ACA	2	6	7314	7319	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387504835
117	NC_017654	T	6	6	7436	7441	0 %	100 %	0 %	0 %	387504835
118	NC_017654	GT	3	6	7478	7483	0 %	50 %	50 %	0 %	387504835
119	NC_017654	AGG	2	6	7622	7627	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387504835
120	NC_017654	TCGT	2	8	7696	7703	0 %	50 %	25 %	25 %	387504835
121	NC_017654	TGGCT	2	10	7728	7737	0 %	40 %	40 %	20 %	387504835
122	NC_017654	ACGCG	2	10	7742	7751	20 %	0 %	40 %	40 %	387504835
123	NC_017654	TGAT	2	8	7754	7761	25 %	50 %	25 %	0 %	387504835
124	NC_017654	CAG	2	6	8851	8856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504837
125	NC_017654	T	6	6	8901	8906	0 %	100 %	0 %	0 %	387504837
126	NC_017654	TGA	3	9	9004	9012	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504838
127	NC_017654	GCG	2	6	9064	9069	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387504838
128	NC_017654	GTCT	2	8	9071	9078	0 %	50 %	25 %	25 %	387504838
129	NC_017654	CCG	2	6	9122	9127	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504838
130	NC_017654	GCTG	2	8	9139	9146	0 %	25 %	50 %	25 %	387504838
131	NC_017654	AAT	2	6	9155	9160	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387504838
132	NC_017654	GGT	2	6	9220	9225	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387504838
133	NC_017654	GA	4	8	9245	9252	50 %	0 %	50 %	0 %	387504838
134	NC_017654	GTC	2	6	9272	9277	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504838
135	NC_017654	GAT	2	6	9296	9301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504838
136	NC_017654	CTG	2	6	9354	9359	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504839
137	NC_017654	GAA	2	6	9408	9413	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504839
138	NC_017654	GAA	2	6	9446	9451	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504839
139	NC_017654	GCC	2	6	9491	9496	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504839
140	NC_017654	GGA	2	6	9498	9503	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387504839
141	NC_017654	A	7	7	9553	9559	100 %	0 %	0 %	0 %	387504839
142	NC_017654	TAC	2	6	9663	9668	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504839
143	NC_017654	CCG	2	6	9755	9760	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504839
144	NC_017654	GAAAC	2	10	9789	9798	60 %	0 %	20 %	20 %	387504839
145	NC_017654	AG	3	6	9809	9814	50 %	0 %	50 %	0 %	387504839
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147	NC_017654	GAA	2	6	9956	9961	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504839
148	NC_017654	AG	4	8	10032	10039	50 %	0 %	50 %	0 %	387504839
149	NC_017654	ACG	2	6	10064	10069	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504839
150	NC_017654	A	6	6	10174	10179	100 %	0 %	0 %	0 %	387504839
151	NC_017654	GAT	2	6	10203	10208	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504839
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157	NC_017654	GAA	2	6	10357	10362	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504839
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159	NC_017654	GCA	2	6	10683	10688	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504839
160	NC_017654	GAGC	2	8	10692	10699	25 %	0 %	50 %	25 %	387504839
161	NC_017654	GGT	2	6	11211	11216	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387504842
162	NC_017654	TTG	2	6	11217	11222	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387504842
163	NC_017654	CTG	2	6	11237	11242	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504842
164	NC_017654	TGCGG	2	10	11267	11276	0 %	20 %	60 %	20 %	387504842
165	NC_017654	TGA	2	6	11412	11417	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504843
166	NC_017654	ACC	3	9	11429	11437	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387504843
167	NC_017654	ATA	2	6	11475	11480	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387504843
168	NC_017654	GCT	2	6	11528	11533	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504843

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.